真菌基因組完成圖

真菌基因組完成圖

    據估算,全世界真菌約有150萬種,現已知有11 200余屬,中國已知1萬種以上。真菌是一類分布最廣的生物,因此,合理利用有益真菌,控制和預防有害真菌對人類的生產和生活具有重要的意義。而真菌基因組的闡明,將為真菌特性的分析提供有用的依據。天津生物芯片利用基因組光學圖譜工作儀輔助第二代高通量測序技術,并配備了一套指導序列拼接的軟件系統,可以提供更高效、低成本的真菌基因組“完成圖”測序等科研項目。

應用范圍:
? 適用于所有真菌菌株;
? 尤其適合超高GC/超低GC真菌;
? 其它用傳統方法測序比較困難真菌;
? 真菌基因組草圖或精細圖補洞。

技術優勢:

(1)豐富的經驗,基于十余年基因組學研究經驗及強大的生物信息學綜合技術平臺支持,為客戶提供從制定研究計劃到獲得研究成果的全面解決方案。

(2)專業的實驗團隊,為實驗結果的真實可靠提供保障。更高的N50組裝指標 ,更少的contig數量 可以達到99.999%準確率 。

(3)強大的生物信息學分析團隊,我公司擁有一支優秀的生物信息學團隊,團隊中80%的工作人員具有博士學位,長期從事生物信息學分析,實現基本生物信息學分析標準化、流程化,個性化分析定制化,確保高水平和低成本的基因組分析結果。

技術路線

 

   首先利用Roche 454平臺及Illumina平臺對真菌基因組進行測序, 并利用光學圖譜技術輔助基因組組裝, 獲得了染色體水平的真菌基因組測序結果。

生物信息學分析內容

1、原始數據進行去除接頭序列及低質量reads處理;
2、數據產出統計及測序數據的成分和質量評估;
3、序列拼接;
4、基因注釋 、基因功能分析 、KEGG通路分析;

5、基因組比較及進化分析,新基因預測;

6、 可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容。

 
 
成功案例

 

實驗周期

從客戶獲得合格樣品后90個工作日內完成文庫構建、上機測序和生物信息學分析工作。
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