Small RNA測序

    Small RNA是一類高度保守的長度在18-30 nt的RNA分子,主要包括miRNA、siRNA、piRNA。是生物體內一類重要的調控分子,參與細胞生長、發育、代謝、基因轉錄和翻譯等諸多生物學過程,在疾病的發生發展轉歸的病理過程中也具有非常重要的作用,是一類新的極具開發潛質的生物標志物和藥物靶標。Solexa測序技術可以提供一套全新獨特的,適用于各個物種的小RNA深度鑒定與定量分析的研究平臺。通過大量的平行測序,可以發掘、鑒定并定量出任何物種全基因組水平的小RNA圖譜,可以更深入的研究其功能。應用這種低成本快速測定數百萬標簽序列的新方法,Illumina Genome AnalyzerⅡx提供了解密小RNA圖譜獨一無二的方法。


 一、技術路線:

天津生物芯片小RNA測序

二、技術優勢:
■ 可針對真核和原核small RNA開展測序工作
■ 鏈特異性測序,保留了small RNA的原始鏈定位信息,有利于研究small RNA的表達調控機理
■ 擁有豐富small RNA測序和生物信息學分析經驗,充分保障測序和分析結果的準確性和可靠性。
■ 大范圍內準確的序列檢測和定量分析,有助于低豐度small RNA差異表達的研究。

 

三、信息學分析
1.  標準信息分析
■ 原始數據去除接頭序列及低質量reads的處理
■ 數據產出統計及測序數據的成分和質量評估
■ 已知Small RNA注釋及新miRNA預測
■ miRNA降解片段鑒定
■ miRNA同源性結構、差異表達分析、表達譜聚類分析
■ miRNA靶基因預測、功能注釋、pathway和Gene Onlotogy顯著性富集分析
2.  定制化信息分析
    可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容。

  

四. 成功案例

    天津生物芯片公司成功摸索出一套雙端高效去除16s rRNA 和23s rRNA的新技術,去除率達到80%以上,確保細菌轉錄組測序及后期的生物信息學分析的順利進行。曾成功地對一株高GC含量(GC含量高達68%, 常見菌株GC含量為52%-55%)的細菌轉錄組進行測序,獲得總數據量達1.6G, 覆蓋度達到100X,其中有效mRNA>40%,高覆蓋基因>70%, 發現非編碼小RNA42個。
    天津生物芯片原核生物轉錄組測序平臺先進而完善,在國內乃至世界首屈一指,對微生物的代謝通路和分子進化研究更是處于國際領先水平。

 

五. 實驗周期
    從客戶獲得合格樣品后60個工作日內完成文庫構建、上機測序和生物信息學分析工作。

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