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生物信息學

硬件:擁有128核心高性能計算集群(64位CPU);800GB RAM,存儲陣列容量達100TB。滿足二代測序(Next Generation Sequencing, NGS),芯片實驗等高通量實驗數據的托管,處理及分析需求。具備高等生物基因組計劃所需的計算能力。
軟件:部署有PDQuest™等商業軟件并擁有自行研發的GA-Plot,VirtualGenome等在內的一整套生物信息學程序/工具,覆蓋蛋白質組學,轉錄組學到基因組學和分子進化所需。

團隊:擁有一支由物理學,生物學,數學及信息科學相關背景專業技術人員及多位博士組成的交叉學科研究及開發團隊,配置專人對客戶進行全方面的跟蹤服務,在Nature、PNAS、PLoS ONE等國際權威刊物多次發表文章。

      天津生物芯片生物信息平臺                天津生物芯片生物芯片 生物信息

提供符合業界規范的數據處理及分析服務:


芯片數據
對基因芯片的表達譜數據進行預處理與歸一化分析,篩選表達差異顯著的基因,對表達差異的基因數據進行聚類分析,進行規?;娜舊宥ㄎ環治齪突諶舊搴妥家蜃擁淖嫉骺胤治?,并結合基因分類數據庫和信號轉導數據庫進行基因的分類和注釋、相關代謝路徑和信號通路的分析。

 

 序列數據
?基因組測序
全基因組鳥槍法測序數據拼裝,基因預測及注釋?;蜃櫓夭廡蜓罷襍NP, SV, CNV等遺傳變異檢測?;諦蛄械謀冉匣蜃檠а芯?。

?RNA-Seq
通過對轉錄本進行高通量測序,可獲得細胞內所有轉錄產物的序列?;贜GS轉錄組測序數據,可以對生物學樣本中基因的表達豐度進行相對定量,并可對樣本間的差異表達進行檢測。

?ChIP-Seq
染色質免疫共沉淀技術(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也稱結合位點分析法,是研究體內蛋白質與DNA相互作用的有力工具,通常用于轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP與第二代測序技術相結合的ChIP-Seq技術,能夠高效地在全基因組范圍內檢測與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段。

?miRNA-Seq
基于高通量測序,產生大量可供分析的小分析全長片段,適用于各個物種的small RNA深度鑒定、定量分析及樣品間的差異表達分析,可以更深入地研究small RNA,如鑒定新的small RNA,檢測microRNA,siRNA和piRNA的表達。

?宏基因組學
使用高通量并行測序技術捕獲環境樣本中的DNA序列,通過序列分析,了解樣本中微生物的遺傳組成及群落功能。對環境樣本進行DNA提取后進行16S或18S等區域擴增,再對擴增產物進行建庫、測序,然后對所得的數據進行生物信息學分析。生物信息分析主要包括OTU的生成及rank-abundance分析、取樣充足性分析、豐度和多樣性分析、菌群間差異分析等。

 

 

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