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Solexa 測序

第二代分析系統Genome Analyzer IIx是當前世界上應用廣泛的新一代測序系統。具有高準確性、高通量、高靈敏度和低運行成本等突出優勢??梢醞蓖瓿紗郴蜃檠а芯懇約骯δ芑蜃檠а芯?。為目前遺傳分析和功能基因組等研究領域提出了全新的應用方案。

     
工作原理:
   邊合成邊測序。即生成新DNA互補鏈時,要么加入dNTP通過酶促級聯反應催化底物激發出熒光,要么直接加入被熒光標記的dNTP或半簡并引物,在合成或連接生成互補鏈時,釋放出熒光信號。通過捕獲光信號并轉化為一個測序峰值,獲得互補鏈序列信息。

 

技術優勢:
   應用廣泛,適用于基因組、表觀基因組和轉錄組研究。

   通量靈活,測序成本較低,讀長可達到2×150 bp,每個flow cell讀取片段數量可達6.4億以上。

   測序準確性較高,通過不斷完善更新測序試劑盒算法軟件系統,2X100bp讀長時,Q20以上數據能夠達到95%以上。

應用領域:
基因組De novo測序
   基因組De novo 不用任何參考序列對某個物種進行測序,用生物信息學方法進行組裝,從而獲得該物種的基因組序列圖譜。Genome Analyzer Iix測序平臺具有測序通量高、測序成本低的特點,能夠在短時間內獲得大量不同插入長度的原始數據作為De novo拼接得數據基礎,結合Roche 454及sanger測序平臺使用,不同平臺優勢互補,將可以獲得動物、植物、細菌、真菌的全基因組序列,從而推進該物種的研究。

轉錄組測序
   轉錄組即某個物種或特定細胞在某個功能狀態下產生的所有的RNA總和,轉錄組測序是研究細胞表型和功能的一個重要手段。利用Genome Analyzer Iix測序平臺可以實現大多數的物種及細胞類型的轉錄組測序,特別是針對原核生物的轉錄組測序,建立了完善的原核生物核糖體RNA消除技術,可以有效消除原核生物核糖體RNA對轉錄組測序的影響。

基因組重測序
   全基因組重測序是對已知基因組序列的物種進行不同個體的基因組測序,并在此基礎上對個體或群體進行差異性分析。建立了一套發現不同個體之間單核苷酸多態性位點(SNPs)、拷貝數變異(Copy Number Variation, CNV)、插入(Insertion)、缺失(Deletion)等變異類型的標準化操作流程,并自主研發的RecDetect程序(用于區分重組和突變),為基因組水平的比較基因組和進化分析提供技術保證。

小RNA測序
   小RNA 是生物體內一類重要的功能分子,它能夠誘導基因沉默,調控細胞生長,發育,基因轉錄和翻譯等生物過程。建立了一套適用于各個物種的小RNA深度鑒定與定量分析的測序方法和分析方法,可以有效實現小RNA的預測、鑒定、定位及功能鑒定的實驗技術和生物信息學分析方法。

染色體免疫共沉淀測序(ChIP-Seq)
   染色質免疫共沉淀技術測序是研究體內蛋白質與DNA相互作用的有力工具,利用該技術不僅可以檢測體內反式因子與DNA的動態作用,還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾以及轉錄因子與基因表達的關系。建立了一套染色質免疫共沉淀技術測序標準實驗流程和分析方法。

 

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